En la actualidad el sistema de riego de toda la zona regable es por gravedad a través de acequias y desagües que se extienden por toda la superficie de la zona regable.

La Comunidad de Regantes Marismas del Guadalquivir a lo largo de su extensión se abastece del Canal del Bajo Guadalquivir a través de siete tomas:

1. Acequia A-II-1-1-1: Este punto de toma se encuentra en el p.k. 96,55 M.D. del Canal del Bajo Guadalquivir y suministra agua a la zona identificada como IV Fase de 709,72 ha, correspondiendo a un 5,71% de la superficie de toda la zona regable. Esta acequia es compartida con la Comunidad de Regantes del Bajo Guadalquivir.
2. Canal CD-1-2: Es una de las infraestructuras más relevantes ya que abastece a 4.296,26 ha, un 34,56% de la superficie total que se encuentra en el Sector B-VI. Su punto de toma se localiza en el p.k. 105,10 M.D. del Canal del Bajo Guadalquivir, discurre hacia el sur unos 3 km, cruza el Arroyo Caño de la Vera a través de un sifón y se bifurca hacia un tramo de canal hacia el oeste y otro hacia el este. El ramal que se dirige hacia el oeste suministra a la Comunidad de Regantes Sección Primera de Marismas y el ramal que se dirige hacia el este abastece al Sector B-VI de la Comunidad de Regantes Marismas del Guadalquivir a través de acequias secundarias que parten del principal. Tiene dirección sur y tras recorrer una longitud de unos 8,6 km gira hacia el oeste terminando en la confluencia entre el encauzamiento del Brazo del Este y del Arroyo Salado de Morón en la zona conocida como El Reboso. Tiene sección rectangular, un caudal de proyecto de 3.507 l/s y una pendiente de proyecto de 0,0003.
3. Acequia A-2-VII-11: A través de esta acequia se riega el Sector B-VII, representa un 14,58 % de la extensión total de la zona regable, unas 1.812,94 ha. Su punto de toma se encuentra en el p.k. 122,94 M.D. del Canal del Bajo Guadalquivir. Está situada al este de la comunidad discurriendo paralela a la carretera N-IV. De sección inicial rectangular tiene un caudal de proyecto de 2.473 l/s y una pendiente de 0,0010144.
4. A-VIII-0: Esta acequia da servicio a 263,41 ha, una pequeña zona del Sector B-VIII que supone el 2,12% de la extensión total de la zona regable. Su punto de toma se encuentra en el p.k. 123,8 MD del Canal del Bajo Guadalquivir.
5. Canal Trapecial: Es la infraestructura más importante desde el punto de vista de la superficie que abastece ya que cubre el  35,00% de la zona regable, una superficie de 4.351,61 ha. Este canal, de sección trapezoidal, nace en el p.k. 124 MD del Canal del Bajo Guadalquivir en las compuertas de Las Alcantarillas y tiene una longitud de unos 300 m, el caudal de proyecto es de 9.540 l/s y tiene una pendiente de proyecto de 0.0002. Del Canal Trapecial derivan a su vez dos canales de distribución, el CD-2 y el CD-3. El primero distribuye el agua en el Sector B-VIII, tiene sección rectangular, un caudal de proyecto de 6.200 l/s y una pendiente de proyecto de 0.00039. El segundo distribuye el agua en los sectores B-IX y B-X, también tiene sección rectangular, tiene un caudal de proyecto de 3.340 l/s y una pendiente de proyecto de 0.0003.
6. Acequia A-X-3’: Esta acequia cubre parte del Sector B-X que no abarca el canal CD-3, concretamente 357,72 ha. Es una derivación del Canal del Bajo Guadalquivir situada en el p.k. 138,87 y que cubre un 2,88 % de la zona regable.
7. Acequia A-X-4’: Esta acequia es la segunda infraestructura que complementa al Canal Trapecial para cubrir completamente el Sector B-X. Está situada en el p.k. 142,164 y abastece un 4,04% de la superficie de la zona regable de la comunidad, 501,66 ha.